Vedecká rada
najvyšší odborný akademický orgán univerzity
Správna rada
presadzuje verejný záujem v činnosti univerzity najmä v súvislosti s využívaním jej majetku a finančných prostriedkov
Akademický senát
najvyšší samosprávny (iniciatívny, kontrolný, koordinačný a normotvorný) zastupiteľský orgán univerzity
Akreditačná komisia
nezávislý orgán, ktorý posudzuje a schvaľuje návrh študijného programu a periodicky schvaľuje študijný program
Komisia pre odbory habilitačných konaní a konaní na vymenúvanie profesorov
zodpovedná za všetky odbory habilitačného konania a všetky odbory inauguračného konania
Komisia pre vytváranie, úpravu a periodické hodnotenie ŠP všeobecné veterinárske lekárstvo, náuka o živočíchoch, veterinárna sestra
zabezpečuje procesy vytvárania, úpravy a periodického hodnotenia študijného programu
Komisia pre vytváranie, úpravu a periodické hodnotenie ŠP farmácia
zabezpečuje procesy vytvárania, úpravy a periodického hodnotenia študijného programu
Komisia pre vytváranie, úpravu a periodické hodnotenie ŠP kynológia, vzťah človek-zviera a jeho využitie v canisterapii a hippoterapii, pohoda a ochrana zvierat
zabezpečuje procesy vytvárania, úpravy a periodického hodnotenia študijného programu
Komisia pre vytváranie, úpravu a periodické hodnotenie ŠP trh a kvalita potravín, bezpečnosť krmív a potravín, hygiena potravín, rodinný farmár
zabezpečuje procesy vytvárania, úpravy a periodického hodnotenia študijného programu
Komisia pre vytváranie, úpravu a periodické hodnotenie ŠP tretieho stupňa
zabezpečuje procesy vytvárania, úpravy a periodického hodnotenia študijného programu
Kolégium rektora
Kolégium rektora Univerzity veterinárskeho lekárstva a farmácie v Košiciach je stálym poradným orgánom rektora. Členmi kolégia sú prorektori, kvestor, vedúci katedier, prednostovia kliník a kancelár.
Rada kvality
poradný orgán rektora v oblasti rozvoja školy a hodnotenia kvality
Komisia pre klinickú činnosť
poradný orgán rektora v oblasti klinickej činnosti a styku s praxou
Komisia pre vedecko-výskumnú činnosť
poradný orgán rektora v oblasti vedecko-výskumnej činnosti
Komisia pre vzdelávanie
poradný orgán rektora v oblasti výchovno-vzdelávacej činnosti pre štúdium v slovenskom a anglickom jazyku